Liza Loves Biology

🧬Какие навыки сегодня нужны специалистам, работающим с биологическими данными? Работа с NGS-данными, обработка результатов экспериментов, анализ биологических изображений и генных сетей - задачи, для решения которых всё чаще необходимы навыки программирования и владение методами обработки и анализа данных. Эти компетенции помогают не только решать более сложные исследовательские задачи, но и расширять карьерные возможности. Передовая инженерная школа НГУ приглашает на программы повышения квалификации, где можно освоить востребованные инструменты и научиться применять их на практике: ▪️ Машинное обучение и нейронные сети в биологии и медицине: применение машинного обучения и нейросетей для анализа биологических данных. ▪️ Разработка биоинформатических пайплайнов: обработка NGS-данных от исходных прочтений до поиска генетических вариантов и автоматизация анализа с помощью Nextflow. ▪️ Базы данных в биологии и медицине. Генные сети: поиск и анализ биологической информации, построение и исследование сетей молекулярных взаимодействий в STRING и Cytoscape. ▪️ Генные сети: продвинутые подходы по анализу и реконструкции: реконструкция генных сетей по транскриптомным и геномным данным, интеграция омиксных данных и анализ эффектов мутаций. 🖥Обучение онлайн, с практическими заданиями и выдачей удостоверения о повышении квалификации НГУ. 📅 Старт обучения на любом курсе: 25 ноября 2026 года. 🎓 Для выпускников, успешно завершивших обучение на любой программе по направлению «Био», скидка 10% Программы, стоимость и запись: https://clck.ru/3Wyb4k Остались вопросы? Свяжитесь со специалистом ПИШ НГУ: 📞 +7 (913) 390-08-48 ✉️ d.soloveva@nsu.ru Реклама: Новосибирский государственный университет, ИНН 5408106490, erid: 2VtzquiabXU

Микробиом — понятие очень широкое. Обычно, говоря о микробиоме, мы имеем в виду микроорганизмы, населяющие различные органы человека, например, кожу или пищеварительный тракт. Но у других животных тоже есть микробиом, и подчас в нем обнаруживаются совершенно потрясающие организмы. Например, недавно японские ученые исследовали, кто живет в стенке морской свиньи — так называют глубоководных голотурий рода Scotoplanes, к морским свинкам они отношения не имеют — и нашли ранее неизвестную бактерию с очень маленьким геномом — всего 649 тысяч пар нуклеотидов. Не рекорд, но все же в три раза меньше, чем у кишечной палочки. Новую бактерию назвали Candidatus Abyssoplasma scotoplanesicola. Она, похоже, живет на всем готовом, поскольку утратила большинство метаболических путей. Зато около трети ее генома кодируют поверхностные белки, в том числе весьма крупные, длиной более 5000 аминокислот. Исследователи предполагают, что с их помощью клетки бактерии взаимодействуют с тканями хозяина и между собой. Еще интересный момент — гены рРНК у нее не организованы в оперон, как обычно, а разделены значительными расстояниями. Пока остается непонятным, а зачем голотурии такой нахлебник.

Школьники, ваш выход на научную орбиту! Научная орбита — хакатон для учеников 10—11-х классов от Центрального университета и Школы естественных наук. Он пройдет 20—22 ноября в Москве. Участников ждут: • Задачи от крупных компаний: Генотек, AIRI, Astramis, Симургфарм. • Проект в портфолио для поступления. • Три дня плотной работы в команде. • Решения на стыке естественных наук и программирования. Победители и призеры хакатона получат возможность выиграть грант на обучение в Центральном университете. Решайся и поступай правильно. Регистрация до 15 ноября по ссылке.

Наткнулась на очень интересный обзор по сравнительной онкологии: почему одни виды болеют раком реже, чем другие, как разные виды защищаются от рака, как эволюционировали противораковые механизмы. Очень интересное и фундаментальное чтиво, рекомендую.

Двойная спираль ДНК давно стала элементом графического дизайна. Ее изображают — как правило, неправильно, вертикально симметричной без большой и малой бороздок — на всем, где хотя бы отдаленно маячит что-то биологичное. Это и продукты питания, и реклама лекарств и медицинских услуг, и многое другое. Неправильное изображение двойной спирали ДНК, конечно, никому чести не делает, но в тех случаях, которые напрямую к биологии не относятся, это еще простительно. А недавно произошел совсем вопиющий случай, просто возмутительный, с моей точки зрения: на обложке юбилейного издания "Эгоистичного гена" Ричарда Докинза, приуроченного к 50-летней годовщине первой версии книги, изображена ДНК мало того что без большой и малой бороздок, так еще и закрученная влево. Вот тебе и сюрпрайз к знаковой дате.

Вот вам на сон грядущий не супер-новая, но от того не менее замечательная разработка, о которой вы должны знать. Как известно, электропорация, при которой под действием тока в мембране клетки временно образуются поры, широко используется для доставки в клетки инородной ДНК, которая через эти поры и протискивается. Японские ученые предложили использовать в качестве источника тока, генерирующего необходимое напряжение... электрический орган электрического угря, который, между прочим, может генерить разряды в ни много ни мало 870 В! Проверяли эту экзотическую гипотезу очень просто: в воду, где плавали мальки данио-рерио, добавили плазмиды, кодирующие зеленый флуоресцентный белок, и шарахнули током через электрического угря. Удивительно, но после этой процедуры часть клеток мальков светилась зеленым! Остается только неизвестным, а выступает ли электрический угорь в виде портативного электропоратора в естественной среде.

Никакой большой науки, просто котята манулов играют и познают мир в горах Монголии. Объектив Николая Орлова.

Современный мир не любит долгих дел. Трехминутные песни, тонкие книги на один вечер, новости, которые можно прочесть за минуту-две… В мире, где все постоянно бежит на сумасшедшей скорости, наука тоже в разгоне: необходимо быстрее получить результат, быстрее опубликоваться, быстрее отчитаться за грант. Но есть примечательные исключения. Об одном из них я рассказывала несколько лет назад. Японские ученые целых 12 лет растили в культуре асгардархею — родственника вероятного предка эукариот. И дело, конечно, не в том, что исследователи были как-то особенно нерасторопны: для подбора условий выращивания в культуре капризного микроба, который, к тому же, еще и очень медленно делится, требуется уйма времени. Но вы только вдумайтесь: целых 12 лет от отбора проб до публикации результатов! После триумфальной публикации в Nature исследователи своих асгардархей не бросили и продолжили долгосрочный эксперимент, цель которого — всестороннее изучение родственников наших с вами архейных предков не на уровне геномов и протеомов, а на уровне самых настоящих живых клеток. Сейчас им снова удалось вырастить новых асгардархей, правда, благодаря накопленному опыту процесс получилось ускорить, и он занял «всего» три года. Ученые получили в культуре клетки штаммов HC1 и SC1 (официально Candidatus Margulisarchaeum peptidiphilum и Candidatus Flexarchaeum multiprotrusionum из порядка Hodarchaeales) хеймдаллархей — одной из групп асгардархей. Так что же скрывают в себе клетки наших далеких пращуров? Как оказалось, мембранных структур вроде эндоплазматического ретикулума, аппарата Гольджи и лизосом внутри асгардархей нет (впрочем, это и раньше было известно), зато от тел клеток идут многочисленные протрузии с внутриклеточными везикулами. Из «наполнения» в клетках новых архей присутствовали ферритиновые гранулы и актиновые филаменты, не связанные с мембраной. Главный источник питания для этих архей — белки, при этом клетки одного из штаммов могут переносить следовые количества кислорода (у них есть даже цитохром с-оксидаза, чтобы от него защищаться — да-да, это анаэробы, которые не дышат кислородом, а вынуждены спасаться от него), но лишены многих метаболических путей, что указывает на необходимость в партнере-симбионте — метаногенной архее. Возможно, частичная устойчивость к кислороду помогла асгардархее ужиться с предшественником митохондрии. Что касается отростков, то они, по всей вероятности, нужны для взаимодействия с клетками-симбионтами, причем чем больше белков было в среде, тем больше протрузий формировали клетки асгардархей. Я очень надеюсь, что японские коллеги продолжат раскручивать эту историю, и благодаря их исследованиям мы сможем хотя бы примерно представить, как проходил эукариогенез.

Не знаю, как вы, а я по грибы ходить не люблю. Мне все время страшно собрать какой-нибудь ядовитый гриб, потому что в грибах я не разбираюсь совсем. Но иногда один гриб может стоить целой корзинки. В Китае нашли новый вид гигантских грибов — Dianjunus rex. Его плодовые тела ориентированы вертикально вверх и могут весить до 2,2 кг при высоте до 50 см. Этот аскомицет оказался настолько самобытным, что для него потребовалось создать новое семейство Dianjunaceae. О вкусовых качествах гигантского гриба авторы статьи не пишут, очень жаль.

Вы можете себе представить змею, которая ходит колесом? Я — нет. А вот карликовая тростниковая змея Pseudorabdion saravacense выполняет этот номер с легкостью! Посмотрите, это действительно впечатляет. У катящейся колесом змеи голова относительно неподвижна и остается примерно на одной высоте, в то время как задняя часть тела быстро вращается, и в итоге змея может разогнаться до почти 3,7 м/с! Важно, что это не лихорадочные кувыркания: змея аккуратно преодолевает таким вот макаром узкую дорожку шириной всего 20 см.

С удивлением узнала, что нобелевский лауреат Кэрол Грейдер, получившая премию в 2009 году совместно с Элизабет Блэкберн и Джеком Шостаком «за открытие механизмов защиты хромосом теломерами и фермента теломеразы», в свое время еле-еле смогла поступить в аспирантуру. Дело в том, что Кэрол страдала дислексией и проваливала стандартные экзамены. В аспирантуру ее взяли, что называется, авансом, благодаря хорошей исследовательской работе, выполненной в колледже. Такое тоже бывает.

Эволюция сна и его распространение в разных группах животного царства — очень интересный и малоизученный вопрос. Долгое время считалось, что настоящий сон с чередованием фаз быстрого и медленного сна есть только у млекопитающих и птиц. Сейчас мы знаем, что похожее на сон состояние испытывают и как минимум некоторые беспозвоночные — дрозофилы, моллюски, нематоды, плоские черви и даже стрекающие. Если у мух "сон" представляет собой просто период неактивности, у некоторых животных, например, осьминогов, имеются фазы, до боли напоминающие быстрый сон (REM-фазу) и сопровождающиеся подергиванием конечностей и движениями глаз. Авторы новой работы, опубликованной в PNAS, смогли описать настоящий сон с двумя фазами у пауков-скакунчиков Portia fimbriata путем наблюдения за ними в течение нескольких дней и ночей. Состояние сна выявляли по тому, как быстро пауки реагировали на звуковые стимулы. Ученым удалось зафиксировать REM-фазу у спящих пауков, во время которой они подергивали лапами и осуществляли движения глазами. Так что впервые удалось показать, что пауки действительно спят и, вероятно, видят сны.

Трогательная история произошла недавно на Аляске, где ученые спасли пятимесячного моржонка-сироту. На момент обнаружения этот кроха (который, в общем-то, не то что бы кроха и весит под центнер) лежал между телами двух взрослых моржей, и его уже начали атаковать птицы-падальщики. Что за драма произошла в семье Аннаутак, как назвали моржонка, неизвестно, но ученые посчитали, что без мамы-моржихи детенышу в дикой природе не выжить. В итоге Аннаутак сначала три дня пробыл в реабилитационном центре на Аляске, а затем вместе с учеными преодолел более шести тысяч километров до парка SeaWorld в Орландо (Флорида), где ему обеспечат полноценный уход и, что очень важно, общение с сородичами. Как говорится, все хорошо, что хорошо кончается.

Пчелы и другие эусоциальные насекомые живут очень скученно и тесно взаимодействуют друг с другом, что создает благоприятные условия для распространения всевозможных инфекций. Как оказалось, ульи обладают собственной защитной «иммунной системой», которая устроена послойно и защищает яйца и личинок. Во-первых, улей населяет множество патогенных и непатогенных бактерий, распределение которых в пространстве имеет определенные паттерны. Патогенные бактерии пчелы, как правило, успешно подавляют. Во-вторых, разные субстанции улья и даже самих пчел содержат разные противомикробные соединения: мед — перекись водорода, прополис и воск — флавоноиды, пыльца — полярные алифатические соединения. В общем, система очень сложная, хрупкая и зависимая даже от таких факторов, как местоположение пасеки.

Открылась регистрация на XVI Международный турнир естественных наук 💚🤩 Задачи и регламент Отборочного этапа XVI Международного турнира естественных наук уже доступны на сайте🏆 На сайте открыта регистрация команд. Международный турнир естественных наук — это командное соревнование, в котором студенты решают реальные практические задачи бизнеса на стыке наук, разрабатывают стратегии и защищают решения в виде презентации и полемики перед экспертами. Ежегодно в Турнире участвуют более 200 мотивированных студентов со всей России и стран СНГ. Турнир существует уже 15 лет и за это время в нем приняли участия более 5 000 студентов с различных стран, было решено более 2 900 кейсов компаний. Победители и призеры получают международное признание, подарки и стажировки от компаний-партнеров, технику Apple, возможность коммерциализовать свои идеи под наставничеством Научного совета Турнира. Что требуются от участников Отборочного онлайн-этапа, который пройдет 13-15 ноября? 1. Собрать междисциплинарную команду из 4-5 человек (студенты бакалавриата и магистратуры, команде необязательно проживать в одном городе) 2. Ознакомиться с файлом с Задачами и регламентом Турнира 3. Подать заявку на сайте scitourn.ru и зарегистрировать всю команду 4. До 1 ноября прикрепить 4 решенных задачи в формате презентаций к заявке на сайте, чтобы допуститься до Отборочного этапа. К Отборочному этапу решить 7 задач из 8 (с учетом вечного отказа). Всё. Ты в игре🔥 Финал пройдет в апреле 2027 года в Санкт-Петербурге. Подписывайтесь на соцсети Турнира, чтобы быть в курсе всех событий: Сайт (www.scitourn.ru/) ВК (vk.com/scitourn_ru) ТГ (https://t.me/scitourn_ru)

Многие исследования CRISPR построены так, что в них изучается иммунитет бактерий одного вида против фагов одного вида. Однако реальность куда сложнее: бактерии образуют сложные многовидовые сообщества, и отношения между членами этих сообществ далеки от идеальных: в них царит жесткая конкуренция за разного рода ресурсы. Как сообщается в новом исследовании, опубликованном вчера в Current Biology, конкуренция между синегнойной палочкой (Pseudomonas aeruginosa) и Acinetobacter baumannii приводит к тому, что у первой активируется SOS-ответ, а он, в свою очередь, приводит к повышению уровня экспрессии CRISPR-Cas-ассоциированных генов и активации процесса адаптации, то есть приобретения новых спейсеров. Выходит, что конкуренция с другими бактериями повышает устойчивость к фагам!

Не секрет, что все мы по-разному «вкусные» для комаров: кого-то они кусают чаще, кого-то – реже. И этому, оказывается, есть вполне научное объяснение. Дело в том, что «вкусность» кожи человека для комара во многом определяется кожной микробиотой, точнее, определенными метаболитами, которые она производит. Как было недавно показано, присутствие на коже бактерий рода Bacillus ассоциировано с пониженной привлекательностью человека для комаров. На макаках было продемонстрировано, что нанесение на кожу B. licheniformis или B. paralicheniformis резко понижает риск быть укушенным комаром. Оказалось, что Bacillus обогащают композицию летучих веществ на поверхности кожи ароматическими соединениями и производными жирных кислот, такими как р-крезол и декановая кислота, которые обладают свойствами репеллентов. Авторы исследования предполагают, что бактерии рода Bacillus могут стать основой безопасных «живых репеллентов».

Все-таки головоногие моллюски — удивительные существа. Недавно на их примере ученые смогли показать, как изменения в пространственной укладке генома могут отражаться на эволюционно важных признаках, в случае головоногих – развитии нервной системы. Результаты работы опубликованы в Nature Communications. Было продемонстрировано, что у каракатиц, кальмаров и осьминогов произошла масштабная геномная перестройка, сильно изменившая их кариотипы. Но это еще полбеды. Если посмотреть с точки зрения 3D-структуры хроматина, то крупные хроматиновые домены среди головоногих в целом консервативны, однако у разных представителей головоногих есть свои, уникальные хроматиновые петли. И вот в этих петлях и есть все дело: они играют важную регуляторную роль, и, как было показано на примере осьминогов, удаление этих петель фатально сказывается на развитии нервной системы. Авторы исследования высказывают предположение, что геномные перестройки, произошедшие в ходе эволюции головоногих, привели к возникновению хроматиновых петель, которые стали выступать регуляторами развития нервной системы.

Это платье — не простое, а золотое. Основу его составляют метаболически активные гифы гриба Cordyceps militaris, которые продолжают реагировать на внешние воздействия — например, заращивать повреждения. За окраску "ткани" отвечают обыкновенные дрожжи, а за защиту от ультрафиолета — плесневый грибок Aspergillus niger. Уж не знаю, можно ли однозначно назвать это платье красивым, но более экологичного текстильного изделия, кажется, не придумать — как легко догадаться, "грибное" платье полностью биоразлагаемое.

Недавно в Current Biology появилось описание новой археи, обладающей экстремально маленьким геномом — Candidatus Sukunaarchaeum mirabile. Его геном состоит всего лишь из 238 тысяч пар оснований — менее половины наименьшего из ранее известных геномов архей! Живет Sukunaarchaeum в клетках динофлагеллят, а вот в каких отношениях он состоит со своим хозяином, пока не очень понятно: анализ генома Sukunaarchaeum показал, что у него нет каких-либо метаболических путей, которые могли бы принести пользу его хозяину. Более того, в его геноме не нашли вообще никаких метаболических путей, хотя ключевые компоненты, нужные для репликации ДНК, транскрипции и трансляции, в нем все же закодированы. Интересно, что примерно четверть генома Sukunaarchaeum приходится на мембранные белки неясного назначения. Возможно, Sukunaarchaeum является паразитом, и эти белки нужны для проникновения в клетку-хозяина. Родственников Sukunaarchaeum пока найти не удалось, эта архея не попадает ни в один из известных типов архей. Авторы работы заключают, что Sukunaarchaeum представляет собой пример экстремального минимализма клетки, утратившей почти все метаболические компоненты и кодирующей только собственные белки и РНК, необходимые для хранения наследственной информации и экспрессии генов. Иными словами, иметь меньший геном и при этом сохранять способность самостоятельно его обслуживать уже не получится.