15 октября 1960 года постановлением СМ СССР на вооружение был принят комплекс перехвата Су-9-51, в состав которого вошли истребитель Су-9, РЛС наведения РП-9У и ракета РС-2УС. Осенью 1960 года на базе Центра авиации Войск ПВО в г. Красноводске были успешно проведены войсковые испытания самолёта.