Это кладбище появилось по личному распоряжению Петра I. В 1720 году умер его сподвижник и друг Роман Брюс, комендант Петропавловской крепости и обер-комендант Петербурга. Царь велел похоронить его у алтарной стены строившегося собора, и с тех пор комендантов крепости хоронили здесь. Период заброшенности, пришедшийся на советское время, привел к плохим последствиям. Их попытались устранить нынешние реставраторы.