Сфероиды и ствижженое

#microscopy #mitochondria Мало нам геномики, протеомики, липидомики и прочих - подьехала митохондриомика! Авторы статьи взяли терабайты 4D (3D + время) изображений митохондрий в клетках, обработанных разными веществами, и обучили на этом нейросетку MitoSpace. Она предсказывает функциональные особенности митохондрий из их внешнего вида. Красиво видно, кстати, все разнообразие их форм и размеров Потыкать можно на их сайте mitospace.ai Код на гитхаб, модель на хаггингфейс. PS. Митохондрии, в норме, это червячки! Биологи и медики, от студентов до директоров, хронически не узнают их на картинках. Думают, что митохондрия выглядит как пухлая булочка из классических учебников.

#WUT #ствижженое Недавно была громкая новость о оцифровке мозга коннектома мухи. Короче.. На нем сыграли Bad Apple. Вероятно Doom на очереди.

#microscopy Актиновая часть цитоскелета мышц - удивительно красивая, интересная и сложная штука. И довольно долго он сопротивлялся визуализации через экспансионную микроскопию, хотя очень хочется посмотреть на его ультраструктуру во всех деталях. Самый доступный и популярный способ красить f-актин - использовать фаллоидин, токсин бледной поганки, однако он абсолютно не совместим с экспансией - разваливается и утекает вместе с белком на стадии переваривания ферментом. Недавно авторы из Индии предложили конструкцию с использованием ALFA-тага, который переживает процедуру экспансии и позволяет визуализировать цитоскелет. Интересное в статье: они использовали неферментативный способ деструкции белков - варили их в SDS

Продолжаем рубрику: #чтение_на_вечер Почему-то все знают "Surely You're Joking, Mr. Feynman!", а отечественных книг подобного плана и души знают существенно меньше (особенно молодежь). Исправляем. // накидывайте подобного в комменты В этот раз известнейшее (в узких кругах) произведение о физтехе (ФТИ им. Иоффе РАН). https://lib.ru/NEWPROZA/LEVINSHTEIN/fti.txt Превью: Приказ No 14 по комнате 000 &1. Довожу до сведения всех ученых список проблем, нуждающихся в решении, с указанием соответствующего вознаграждения. 1. Какова природа дробных ступенек в квантовом эффекте Холла ? Занесение в книгу почета Какова природа шума 1/f ? Швейная машина с ножным приводом 3. В каком случае кофе больше остынет: если положить сахар сразу или непосредственно перед выпиванием ? Чашка кофе 4. Почему скорость реакции образования карбонида никеля осциллирует как функция магнитного поля ? (ЖЭТФ, 67, 2326, (1974)) Бутылка сухого вина 5. Имеет ли уравнение xn+yn = zn решение при целых x,y,z и n>2 ? (Задача Ферма Бутылка коньяка 6. Почему пузырек, оторвавшийся от дна чайника, всплывает не вертикально, а по спирали ? 3 руб. 7. Каково было состояние вселенной до Big Bend'а ? Присвоение очередного звания Какова природа сухого трения ? Бутылка портвейна 9. Как путем последовательных делений из одной клетки получается человек ? Румынский комплект детского белья Нейтрон влетел в GaAs и столкнулся с ядром Ga. Какова вероятность рождения при этом электронно-дырочной пары ? Духи "Кармен" 11. То же при столкновении с ядром As. Одеколон "Шипр" 12. Какова природа шаровой молнии ? Бесплатная путевка в д/о "Зеленый Бор" (Зеленогорск) на ноябрь &2. Во избежание злоупотреблений решения указанных в &1 задач сдавать в запечатанных конвертах под девизом. Ответственный за комнату подпись 22 декабря 1982 г.

Когда приходят новые студенты и ты у них что-то спрашиваешь: Обожаю, когда игра слов на английском выливается в забавное на русском

Встречайте новый проект: Периодическая Таблица Плазмы https://plasma.bagelgen.com Это визуальные репрезентации плазменной формы для большинства элементов периодической таблицы, полученные в процессе исследования плазмабубликов и Багельгена. Часть элементов пока не задокументирована - они в ближайшей очереди: цинк, хром, никель, висмут, ртуть и тд; С некоторыми непонятки или сложности - кислород, сера, фосфор, селен, сурьма, бериллий... Не имеющие стабильных изотопов, а также драгметаллы, по понятным причинам не планируются. * Насколько Зергорию известно, ничего подобного в интернетах ранее не существовало. Теперь есть. #bagelgen

Генная пушка это одна из самых крутых и брутальных вещей, что есть в биологии. Как нам загнать новые гены в нужные клетки? ПУШКА. Цепляем ДНК на вольфрамовые частицы и СТРЕЛЯЕМ В ОБРАЗЕЦ. Некоторые частицы случайно попадут в ядро и некоторые клетки случайно выживут. Да, разумеется её изобрели в США. Нате вам DIY версию из эйрсофт пистолета

Друзья, у меня новость, прошу вас максимальный репост! Наш многолетний труд по разбору укоренившихся сомнительных статистических практик перешел в очередную фазу! В журнале "Альманах клинической медицины" вышла наша первая программная публикация - "Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях". Нашей основной задачей было создание прецедента в русскоязычной научной среде, приглашение сообщества к широкому обсуждению проблемы, а также создание корпуса официально опубликованных материалов, на которые можно было бы ссылаться при дискуссиях с рецензентами и авторами статей. Если вас заставляют тестировать на нормальность и проверять "достоверность" результатов - знайте, что теперь вы не одиноки и вам есть на что сослаться :) Большое спасибо моим соавторам, взявшим на себя этот большой труд - @slavenkofm @o_mironenko @bqmaks ❤️ Ссылка на статью: https://almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789 P.S. В настоящее время готовяться к публикации следующие статьи из данной серии. Не переключайтесь! :)

Не устаю напоминать, что #фотожаб это не только продукт работы нечестных авторов статьи, но и редакции журнала, который её пассивно принимает. А в этом случае даже и активно. Копипаст на гистологии был замечен аж в 2022 году, а недавно к статье вышла коррекция, где один фотожаб был заменен на другой, чуть более убедительный. С комментарием "performed to enhance the visual appearance of the images".

Все, кто работают с антителами знают это неизбывное чувство лотереи: сработает оно или не сработает. Или у тебя кривые руки? И вот когда начинался скандал с фейковыми иллюстрациями блотов антител Термо у многих возникло ощущение, что это только вишенка на хтоническом какашечном торте. Так и оказалось. Глобальный поиск по сайтам производителей выдал 18000 #фотожаб. И это только в блотах, в ИГХ/ИЦХ наверняка ситуация не лучше. Разумеется, то что блот сфотожаблен не значит, что антитело 100% нерабочее, но.. Для удобства поиска есть репозиторий, можно сыграть в сомнительную игру "О, а я этим красил".

Коллеги, натурный эксперимент (n=1) показал, что семилетний ребёнок успешно может работать в ламинаре, в том числе расставлять носики и пересаживать клетки. Так что если у ваших студентов сложности...

#microscopy Как много микроскопических штук можно сделать с одним мозгом? Намного больше, чем я ожидал. Сначала в мозг мыши ввели вирусы, которые заставили её экспрессировать белки - зонды на кальций, что позволило изучить там как распространяется сигнал. Другой вирус - и нейроны начали экспрессировать GFP, который позволил изучить структуру мозга, как живьём маленького кусочка, так и после оптического просветления уже целиком (вне мыши). И наконец при помощи пространственной транскриптомики был изучен профиль РНК в нейронах. Конечно подробно был изучен всего 141 нейрон, но зато эта методика позволяет изучать и структуру и активность и генетику!