12 ноября 1796 года Черноморский флот перешёл в подчинение центральных органов военного управления. Император Павел I подписал высочайший указ о передаче Черноморского корабельного и гребного флота из ведения особого Черноморского адмиралтейского правления в ведение адмиралтейств-коллегии. Черноморский флот перешел, как и Балтийский флот, в центральное подчинение. Особое положение ЧФ было следствием решений Г.А.Потемкина, стремившегося осуществлять управление военными и морскими силами в Крыму и Новороссии в особом порядке и под его личным контролем. Одним из первых указов Павла была ликвидация автономии Черноморского флота. Хотя определённые традиции самостоятельности в принятии некоторых организационных и технических решений сохранялись за ЧФ всю половину 19 в и при адмиралах Грейге и Лазареве.