Атта родился в Египте в семье адвоката. Он выучился в Каире на архитектора и несколько лет проработал в градостроительной сфере в столице. По настоянию отца Атта отправился в Германию, чтобы продолжить образование. Он поступил в Гамбургский университет, где изучал городское планирование. Хотя Атта происходил из не очень религиозной семьи, приехав в Германию, начал посещать местную радикальную мечеть Аль-Кудс. В общении с другими студентами он уже тогда высказывал антиамериканские взгляды. В конце 1999 года Мохаммед Атта оставил студенческую жизнь и отправился в Афганистан — почти одновременно с Зиядом Джаррахом из группы захвата рейса 93. В 2000 году они вернулись в Германию, а позже поехали в США, где Атта прошел обучение в летной школе во Флориде и сдал экзамен на получение лицензии пилота. На фото: Атта в Германии (слева), май 1993 года