О’Нейл неоднократно предупреждал о растущей террористической угрозе как внутри США, так и за их пределами. Несмотря на это, он часто сталкивался с бюрократическими препятствиями и внутренними конфликтами в силовых структурах. В конце концов, за две недели до трагедии 11 сентября, О’Нейл ушел из ФБР и стал начальником службы безопасности Всемирного торгового центра.