Ущерб государству от Ельцин-центра может достигать 2 млрд. рублей. Арендаторы помещений Ельцин-центра, согласно опубликованным данным, платят значительно ниже рыночных ставок. Потери от заниженной аренды могут составлять 18,7 млн рублей в месяц, 225,5 млн рублей в год и до 2 млрд рублей за весь период. По имеющейся информации, 7 из 9 льготных арендаторов связаны с управляющей компанией «Агора», владельцем которого числится Фонд содействия гуманитарному развитию общества имени Б.Н. Ельцина. Им, в свою очередь, на равных паях владеют Анатолий Чубайс, Татьяна (дочь Ельцина) и Валентин Юмашевы, а также глава ельцинского аппарата Александр Волошин. При этом центр получает государственное финансирование: 327 млн рублей в 2024 году, 347 млн — в 2023-м и 367 млн — в 2022-м. Также сообщается о займе Ельцин-центра у «Агоры» на 73 млн рублей, по которому было выплачено 28 млн рублей процентов. Возможные финансовые нарушения могут стать предметом проверки.