FDA подтвердило три случая развития опухоли после лечения пациентов генотерапевтическим препаратом Золгенсмой. Развитие опухоли, предполагают, связано с геном GLI1, который при избыточной активности способен вызвать рак. В двух случаях анализ ткани нашёл встроенную в хромосомы ДНК вируса-носителя: её промотор (участок, который включает чтение гена) стоит перед GLI1 или внутри него. FDA считает, что риск развития опухоли есть и в случае использования Itvisma, препарата на том же вирусе-носителе, хотя пока не было сообщений о развитии опухолей после него. Золгенсма доставляет в клетки рабочую копию гена SMN1 с помощью аденоассоциированного вируса. Доставленная ДНК в основном находится в ядре отдельно от хромосом, поэтому риск развития опухоли из-за её встройки долгое время считался теоретическим. К настоящему времение терапию этим препаратом получили более 6000 пациентов. Ранее группа американских исследователей, изучая другую AAV-терапию, с использованием препарата FBX-101, показала, что встроенная ДНК может активировать онкоген GLI1. Через 26 месяцев после использования терапии на основе FBX-101 у одного из пациентов была найдена опухоль, в которой GLI1 работал активнее, чем в любой из 5143 опухолей базы группы. Выборочная расшифровка ДНК не нашла в опухоли ни мутаций, ни слияний генов, способных вызвать рак, а чтение длинных отрезков ДНК объяснило эту активность: в начало GLI1 встроился обрывок вектора. В нём были усилитель вируса цитомегалии и промотор гена куриного бета-актина (вместе — CAG), включающие чтение генов, и участок сшивки РНК, но без лечебного гена. Через этот участок клетка присоединила к GLI1 начало куриного бета-актина, и ген заработал в избытке. Зимой FDA приостановило испытания терапии на основе препарата RGX-111 после опухоли мозга у мальчика, получившего препарат четырьмя годами раньше. В опухоли ген PLAG1, в основном работающий у эмбриона, был активнее почти в 300 раз, чем в других изученных опухолях нервной системы; в него также встроился обрывок вектора. Золгенсма, FBX-101 и RGX-111 несут одну и ту же пару элементов CAG. О рисках с использованием этих конструкций писали и раньше. В 2022 году группа американских исследователей писала, что у новорождённых мышей векторы с CAG вызывали рак печени, а вектор с другим промотором, встроившись в ту же область генома, опухолей не давал. Авторы исследования допускают, что обрывок без лечебного гена возник при производстве вектора, и предлагают убрать из конструкций участок сшивки и тщательнее следить за чистотой препаратов. Двадцатилетний спор о том, могут ли препараты на основе AAV вызывать опухоли, окончен.