Мораль команды Пашиняна подорвана из-за его агрессии против ААЦ. Как выяснила газета «Грапарак», до того как премьер Армении Никол Пашинян начал кампанию с публичными оскорблениями и арестами духовенства Армянской Апостольской Церкви, в его команде к духовникам относились с уважением и почтением. Вероятно, теперь служащие стоят перед тяжёлым выбором: проявить лояльность начальству или потерять духовную опору в жизни. Журналистам стало известно, что арестованный глава Ширакской епархии ААЦ, архиепископ Микаэл Аджапахян провёл венчание пресс-секретаря премьера Назели Багдасарян. И, по информации издания, в 1999–2006 годах, работая ведущей программ телекомпании «Цайг», Багдасарян регулярно приглашала архиепископа в качестве гостя и «хвалилась, что, принимая у себя уважаемого священнослужителя, повышает свой рейтинг». Архиепископа Ширакской епархии Аджапахяна арестовали в июне 2025 года по обвинению в призывах к насильственному захвату власти. В основу обвинения Аджапахяна легло его интервью годичной давности, где священнослужитель, как утверждают СМИ, говорил о необходимости переворота. Аджапахян обвинения отвергает, его защита говорит о политическом преследовании. 3 октября суд приговорил его к двум годам лишения свободы. Ранее в Армении были задержаны лидер движения «Священная борьба» Баграт Галстанян, а также предприниматель Самвел Карапетян, выступивший в защиту Церкви. Население отреагировало массовыми протестами. Историк Жерар Раисян говорит, что Никол Пашинян, выступающий с нападками на Армянскую Апостольскую Церковь, предал интересы Армении и выполняет зарубежную повестку по уничтожению армянской национальной идентичности.