25 мая 1989 года в Москве открылся первый съезд народных депутатов СССР, на котором впервые в истории страны заявили о нарушениях на выборах Съезд транслировался в прямом эфире, а его делегатами были представители всех 15 союзных республик. Из 2 250 депутатов Россию (РСФСР) представляли 1 099 человек, Украину — 262, Узбекистан – 108, Белоруссию — 94, Казахстан — 99, Грузию — 91, Азербайджан — 72, Литву — 58, Таджикистан — 57, Молдавию — 55, Армению и Киргизию — по 53, Латвию — 52, Туркмению и Эстонию — по 48 человек. В первый час работы съезда было объявлено о нарушениях при избрании делегатов, чего ранее никогда не было. Историк Куликов из Миргорода Полтавской области прислал телеграмму, что секретарь Полтавского обкома КПСС Алексей Мякота не имел права баллотироваться на выборах, так как был депутатом двух советов. Это нарушение статьи 96 Закона о выборах: «Съезд не имеет права утвердить его депутатом Верховного Совета, а скрытая от народа инструкция, разосланная окружным комиссиям, является антиконституционной, она рождена бюрократическим аппаратом в интересах бюрократов, как рождены сотни антинародных инструкций», — писал он. Депутат Виктор Алкснис из Латвии заявил, что во время выборов в Латвии была нарушена статья 17, которая гласит, что округа образуются с равной численностью избирателей на всей территории соответствующей союзной республики. В Латвии были созданы округа с разной численностью избирателей: от 28,8 тысячи (округ 308) до 127,3 тысячи (округ 290) человек. Он посчитал, что в среднем округ должен был насчитывать 62 тысячи избирателей. «Малочисленные национально-территориальные избирательные округа были образованы в основном в сельских районах республики, что обеспечило большинство депутатских мандатов именно от этих районов, несмотря на то, что большинство населения (71 %) проживает в городах. Это существенно ограничило возможности рабочего класса, а также русскоязычного населения республики быть избранными в народные депутаты. Из 11 членов думы Народного фронта Латвии, избранных депутатами, десять баллотировались по малочисленным округам», — заявил он. Депутат рассказал, что 4 мая подал запрос генеральному прокурору Александру Сухареву, но ответа не получил. 11 мая Алкснис передал письмо в приемную Президиума Верховного Совета СССР, но его переслали в Латвийский Верховный Совет, на который он и жаловался. Московский депутат Илья Заславский заявил, что «большое количество жалоб граждан» подано по выборам в Пролетарскому округе Москвы и по Смоленскому округу № 27. Там несколько бюллетеней давали одному человеку. В тот же день состоялись выборы председателя Верховного Совета страны. Писатель Чингис Айтматов выдвинул генерального секретаря ЦК КПСС Михаила Горбачёва. Замдиректора Всесоюзного института повышения квалификации специалистов министерства цветной металлургии Геннадий Бурбулис — Бориса Ельцина, но тот взял самоотвод. Первым самовыдвиженцем пытался стать сотрудник Полярного геофизического института Кольского научного центра Академии наук СССР, беспартийный Александр Оболенский. За его включение в бюллетень для голосования проголосовало только 689 депутатов, против — 1 415, воздержались — 33 человека. Бюллетени выдавали в Георгиевском зале Большого Кремлевского дворца членами счетной комиссии по предъявлении удостоверения народного депутата. В зале был расставлен 21 стол, на них установлены буквенные указания фамилий депутатов в алфавитном порядке. Здесь же установили 44 кабины для тайного голосования. Получив бюллетень, депутат проходил в кабину для заполнения бюллетень, а затем опускал в ящик для тайного голосования. В каждой кабине была полочка, где в вазочке стояли карандаш и фломастер. Всего было выдано 2 221 бюллетень. При вскрытии ящиков обнаружено 2 210 бюллетеней. За Михаила Горбачёва проголосовали 2 123 депутата (95,6%), против — 87 человек.