1630 год во Флоренции ознаменовался катастрофическим событием — началом Великой эпидемии бубонной чумы (часть общеитальянской пандемии 1629—1631 годов). Болезнь проникла в Тоскану из Северной Италии, куда её занесли войска, участвовавшие в войне за Мантуанское наследство. За 18 месяцев эпидемии во Флоренции погибло около 12 000 человек(примерно 12% населения города). По сравнению с Миланом или Венецией, где выкосило от трети до половины жителей, Флоренция пострадала меньше благодаря жестким мерам властей. В городе ввели строгий санитарный контроль, закрывали зараженные кварталы, сжигали матрасы и личные вещи бедняков в очагах инфекции («Грязь — мать порчи»). Были развернуты чумные госпитали (лазареты), крупнейшим из которых стал монастырь Сан-Миниато-аль-Монте. Городом и Великим герцогством Тосканским управлял молодой Фердинандо II Медичи (в 1630 году ему исполнилось 20 лет). Он лично остался в городе во время эпидемии (в отличие от многих аристократов), чтобы руководить общественным здравоохранением и помогать распределять еду, что принесло ему огромную популярность среди горожан. При дворе Фердинандо II Медичи находил поддержку великий ученый Галилео Галилей. Именно в эти годы (в 1630 году) Галилей закончил во Флоренции свой знаменитый труд «Диалог о двух главнейших системах мира», который затем ушел в печать.