Древние земледельцы при одомашнивании растений опирались на изменчивость, которая уже существовала в диких видах. Полезные мутации редко встречались у диких предков культурных растений, но люди тысячелетиями отбирали растения с нужными признаками, и частота этих мутаций росла. Главный признак одомашненного риса состоит в том, что зрелые зёрна не осыпаются с колоса и их можно собрать. Мутация в гене qSH3, которая отвечает за этот признак, по-видимому, уже была у дикого риса, а её частота росла больше 2000 лет, начиная примерно с 9000 лет назад. У кукурузы мутация в гене tga1, которая освободила зерно от твёрдой оболочки, возникла больше 40 000 лет назад, хотя кукурузу одомашнили только около 9000 лет назад. Даже холодоустойчивость, благодаря которой рис около 4000 лет назад распространился в умеренный климат, опиралась на древние варианты генов. Учёные из Нью-Йоркского университета определили возраст мутаций по генеалогическим деревьям участков генома и сверили результаты с археологическими находками зёрен в долине реки Янцзы